Ethan se réveille, contusionné de partout, au bord d'une rivière, dans une petite ville tranquille de l'Idaho. Il ne se rappelle de rien. Petit à petit, des bribes de souvenirs vont lui revenir : il est agent fédéral, il est venu à Wayward Pines pour enquêter sur la disparition de deux agents. Il n'a plus aucun papier sur lui. Étrangement, ni l'hôpital ni le shérif ne savent où ils sont. Chacun se renvoie la balle. Une jeune femme dans un bar lui indique secrètement comment se rendre dans une maison isolée, où il va faire une découverte macabre.